Le tournant du millénaire a marqué une transformation profonde pour Gazprom, caractérisée par une réaffirmation significative du contrôle de l'État et un pivot stratégique vers l'exploitation des ressources énergétiques pour des objectifs nationaux plus larges. Suite à l'ascension de Vladimir Poutine à la présidence en 2000, une politique délibérée a été mise en place pour consolider les actifs stratégiques sous gestion étatique, inversant certaines des tendances de privatisation antérieures qui avaient vu la part de l'État dans Gazprom diminuer à un peu plus de 38 % d'ici 1999. Ce mouvement était fondé sur la conviction que les vastes réserves énergétiques de la Russie étaient un actif souverain, crucial pour la sécurité nationale et la prospérité économique. Alexei Miller, un proche associé de Poutine, a été nommé PDG en 2001, remplaçant Rem Vyakhirev. Ce changement de direction a signalé une nouvelle ère où la stratégie d'entreprise de Gazprom deviendrait plus ouvertement alignée sur les priorités de politique étrangère et intérieure du Kremlin, dépassant un simple focus commercial pour embrasser son rôle en tant qu'instrument principal du pouvoir de l'État.
Les principaux changements stratégiques durant cette période incluaient la réacquisition systématique de participations significatives dans Gazprom, restaurant l'État russe à un intérêt de contrôle. Ce processus a été complété par divers mécanismes, y compris l'acquisition d'actions auprès d'actionnaires minoritaires, la consolidation des participations détenues par des entreprises publiques telles que Rosneftegaz, et l'achat d'actions précédemment détenues par des entités comme Itera. En 2005, la participation directe et indirecte de l'État a dépassé 50 %, garantissant le contrôle définitif de Moscou sur la direction stratégique de l'entreprise et les flux financiers. L'objectif était de s'assurer que la gestion des immenses réserves de gaz de la Russie, estimées à environ un quart des réserves prouvées de gaz naturel dans le monde, reste fermement entre les mains de l'État, permettant l'utilisation de l'énergie comme un instrument significatif de la politique de l'État. Cette renationalisation a été accompagnée d'un mandat clair pour que Gazprom devienne un champion national, non seulement dans la production d'énergie mais aussi en contribuant à la position économique et politique du pays sur la scène internationale par des investissements significatifs dans les infrastructures domestiques, les programmes sociaux et l'influence diplomatique.
L'entreprise a fait face à de nombreux défis durant cette période, y compris une concurrence croissante de nouveaux fournisseurs de gaz, en particulier sur le marché mondial du GNL émergent. L'expansion rapide de la production de GNL qatari et le développement révolutionnaire du gaz de schiste aux États-Unis ont commencé à transformer les dynamiques du commerce mondial du gaz à la fin des années 2000, offrant aux acheteurs une flexibilité accrue et des sources d'approvisionnement alternatives. Parallèlement, les changements réglementaires européens, notamment la mise en œuvre du Troisième Paquet Énergétique en 2009, visant à libéraliser les marchés de l'énergie, à promouvoir le désengagement des actifs de transmission et à réduire la dépendance à un fournisseur unique, ont présenté des obstacles substantiels. Les événements géopolitiques ont souvent croisé les opérations commerciales de Gazprom, notamment à travers une série de différends gaziers très médiatisés avec des pays de transit comme l'Ukraine et la Biélorussie au milieu des années 2000, spécifiquement les différends gaziers Russie-Ukraine de 2006 et 2009. Ces conflits, souvent liés à des désaccords sur les prix, des allégations de non-paiement et des frais de transit, ont périodiquement perturbé les flux de gaz vers l'Europe, générant un examen international significatif et incitant les efforts européens à diversifier les sources et les routes d'énergie pour améliorer la sécurité énergétique. La perturbation de janvier 2009 a à elle seule eu un impact significatif sur les approvisionnements en gaz de plus d'une douzaine de pays européens, causant des répercussions économiques et politiques.
En réponse à ces défis et pour atténuer les risques de transit, Gazprom a entrepris une stratégie de développement de nouvelles routes de pipeline directes vers l'Europe et l'Asie, contournant les pays de transit traditionnels. Cela s'est manifesté par des projets d'infrastructure ambitieux tels que Nord Stream 1, qui est devenu opérationnel en octobre 2011. Ce pipeline sous-marin, avec une capacité annuelle de 55 milliards de mètres cubes (bcm), transportait du gaz directement sous la mer Baltique vers l'Allemagne, réduisant considérablement la dépendance au transit des nations d'Europe de l'Est. Le projet représentait un investissement en capital estimé à 7,4 milliards d'euros et était une pierre angulaire de la stratégie de marché européen de Gazprom. La planification et la construction ultérieures de Nord Stream 2, conçues pour doubler cette capacité directe, ont souligné cet engagement. Simultanément, reconnaissant le potentiel à long terme des marchés asiatiques en forte croissance, en particulier la Chine, Gazprom a lancé le projet de pipeline Power of Siberia. Ce colossal projet a abouti à un accord de fourniture historique de 30 ans avec la China National Petroleum Corporation (CNPC) en 2014, d'une valeur estimée à 400 milliards de dollars pour 38 bcm de gaz par an. Le pipeline, fournissant du gaz des champs de Chayandinskoye et de Kovykta en Sibérie orientale, a livré son premier gaz en décembre 2019. Ces projets représentaient d'énormes investissements en capital – les dépenses d'investissement annuelles dépassaient systématiquement 30 milliards de dollars au milieu des années 2010 – et soulignaient la détermination stratégique de Gazprom à sécuriser de futurs marchés et routes d'exportation indépendamment des intermédiaires politiques. D'autres projets comme le Blue Stream vers la Turquie (opérationnel en 2003) et plus tard TurkStream (opérationnel en 2020) ont encore diversifié les routes vers le sud de l'Europe et la Turquie.
En interne, l'entreprise a subi une restructuration organisationnelle significative pour soutenir sa nouvelle direction stratégique. Elle a cherché à améliorer l'efficacité, à consolider le contrôle sur ses diverses filiales, allant de la production et du transport de gaz à la production d'électricité et aux actifs médiatiques, et à améliorer les capacités de gestion de projet pour ses initiatives d'infrastructure à grande échelle. Des efforts ont été faits pour centraliser la prise de décision et rationaliser les opérations, bien que l'ampleur et la complexité du conglomérat aient souvent présenté des défis. Il y avait également un accent sur l'augmentation de la gazéification domestique en Russie, remplissant son mandat social en tant qu'entreprise contrôlée par l'État, avec des objectifs de connexion de plus de régions et de ménages au réseau national de gaz, investissant des milliards de roubles chaque année dans cette initiative. Les périodes difficiles comprenaient la navigation dans les sanctions internationales imposées à la Russie, en particulier après 2014 suite à l'annexion de la Crimée, qui ont eu un impact significatif sur son accès au financement occidental et à la technologie avancée. Ces sanctions ciblaient spécifiquement le secteur énergétique, retardant certains projets en amont, notamment ceux nécessitant des technologies complexes de forage offshore, de forage horizontal et de fracturation hydraulique pour les réserves non conventionnelles, ralentissant le développement dans des zones frontières comme l'Arctique. Les revenus globaux de Gazprom, bien que fluctuant avec les prix de l'énergie, ont généralement montré une croissance robuste, avec des revenus annuels dépassant souvent 100 milliards de dollars lors des années de pointe, contribuant de manière significative au budget fédéral russe et employant des centaines de milliers de personnes directement et indirectement.
Les controverses entourant Gazprom surgissaient fréquemment de son double rôle en tant qu'entité commerciale et instrument de l'État. Les accusations d'utiliser l'énergie comme un levier politique, en particulier lors des négociations sur les prix du gaz avec des pays voisins comme la Biélorussie, la Moldavie et l'Ukraine, sont devenues courantes. Les critiques ont pointé des mécanismes de tarification apparemment disparates pour différents États post-soviétiques par rapport aux clients d'Europe de l'Ouest, interprétant souvent ces écarts comme motivés politiquement. Les autorités de la concurrence européennes ont également lancé des enquêtes sur des pratiques monopolistiques présumées. Un exemple marquant a été l'enquête antitrust de la Commission européenne lancée en 2012, qui alléguait que Gazprom abusait de sa position dominante sur le marché dans huit pays d'Europe centrale et orientale en liant les prix du gaz aux prix du pétrole, surchargant ainsi les clients et restreignant les ventes de gaz transfrontalières, entravant l'intégration du marché. Cette enquête prolongée a abouti à un règlement en 2018, où Gazprom s'est engagé à des réformes, y compris l'autorisation de révisions de prix et la facilitation des reventes, pour éviter une amende substantielle, mettant en lumière l'interaction complexe entre l'économie de marché, la stratégie d'entreprise et les relations internationales qui définissaient l'environnement opérationnel de Gazprom.
À la fin de cette période transformative, en particulier à l'approche des années 2020, Gazprom s'était fermement réétabli comme un pilier central de l'État russe, avec ses opérations commerciales profondément imbriquées dans les objectifs politiques nationaux. Il avait démontré sa capacité à s'adapter à un paysage énergétique mondial en évolution en investissant des milliards dans de nouvelles routes et marchés, en déplaçant son focus stratégique, même alors qu'il faisait face à des tensions géopolitiques accrues et à une pression croissante pour la transition énergétique, en particulier de la part des clients européens. L'entreprise demeurait le plus grand producteur de gaz naturel au monde en volume, produisant systématiquement plus de 450 bcm par an, et détenait les plus grandes réserves de gaz naturel au monde. Bien que son autonomie stratégique ait été limitée par le contrôle de l'État, sa puissance financière et opérationnelle restait formidable, assurant sa pertinence continue en tant que fournisseur mondial d'énergie et outil clé dans l'arsenal de la politique étrangère de la Russie, la positionnant pour les défis sans précédent de la décennie suivante, y compris le pivot européen accéléré loin de l'énergie russe suite à l'invasion de l'Ukraine en 2022.