Le succès et l'expansion des années 1980 ont été suivis d'une période de transformation profonde pour Embraer à la fin des années 1980 et au début des années 1990. Cette époque a été marquée par une instabilité économique significative au Brésil, couplée à un ralentissement mondial du marché de l'aviation, créant un environnement intensément difficile pour une entreprise d'État ayant des liens gouvernementaux substantiels. L'économie brésilienne a été confrontée à une hyperinflation, avec des taux annuels dépassant souvent 1 000 %, et à une grave crise de la dette extérieure, qui a directement impacté le financement gouvernemental et la stabilité financière de l'entreprise. Le climat économique volatile a rendu la planification stratégique à long terme presque impossible et a érodé la base de capital de l'entreprise. Embraer, malgré ses succès à l'exportation, a accumulé une dette importante, luttant contre des taux d'intérêt élevés et un accès réduit au capital. Des documents internes de l'époque révèlent des discussions concernant la nécessité de changements structurels drastiques pour assurer la survie de l'entreprise, y compris des réductions profondes de son personnel et le report de projets de recherche et développement cruciaux. Le modèle opérationnel d'une entreprise d'État, avec ses contraintes bureaucratiques inhérentes, ses nominations politiques et ses processus de décision lents, s'est avéré de plus en plus inadapté à l'industrie aérospatiale en pleine mondialisation et compétitive, qui exigeait agilité et réactivité sur le marché.
Dans ce contexte, le gouvernement brésilien a lancé un vaste programme de privatisation au début des années 1990, visant à céder des actifs d'État et à réduire la dette publique. Pour Embraer, la privatisation est devenue non seulement une option, mais un impératif critique pour la survie et la croissance future. Le processus était complexe et prolongé, impliquant des négociations intenses avec des investisseurs potentiels, des syndicats préoccupés par la sécurité de l'emploi, et des parties prenantes politiques qui débattaient de l'importance stratégique d'une industrie aérospatiale nationale. Un obstacle majeur était la dette substantielle de l'entreprise, nécessitant une restructuration complexe. En décembre 1994, Embraer a été privatisée avec succès, un consortium dirigé par le groupe bancaire Bozano, Simonsen, incluant deux grands fonds de pension brésiliens (PREVI et SISTEL), acquérant le contrôle. Ce changement stratégique a marqué un moment décisif, transformant l'entreprise d'une entité subventionnée par l'État en une société privée axée sur le marché. La nouvelle structure de propriété a apporté un nouvel accent sur la rentabilité, l'efficacité opérationnelle et la compétitivité mondiale, nécessitant un changement fondamental dans la gouvernance d'entreprise et la planification stratégique, avec un mandat clair de création de valeur pour les actionnaires.
Après la privatisation, Embraer a été confrontée à des défis immédiats, y compris un fardeau de dette substantiel, un portefeuille de produits vieillissant principalement composé des turbopropulseurs EMB 110 Bandeirante et EMB 120 Brasília, et une concurrence intense de la part d'acteurs mondiaux établis comme Bombardier et Fokker. Le marché de l'aviation régionale lui-même subissait un changement significatif, passant des turbopropulseurs aux jets régionaux, poussé par les préférences des passagers pour des voyages plus rapides et plus silencieux et les demandes des compagnies aériennes pour des avions plus efficaces et de plus grande capacité adaptés aux routes de desserte reliant les grands hubs. Reconnaissant cette évolution du marché, la nouvelle direction, qui comprenait notamment le retour d'Ozires Silva en tant que président peu avant la privatisation, a initié un pivot stratégique audacieux. Cela impliquait de consacrer des ressources importantes au développement d'une nouvelle famille de jets régionaux, une décision qui comportait un risque financier considérable pour l'entreprise récemment privatisée, nécessitant un financement externe substantiel et un départ majeur de la dépendance historique de l'entreprise aux avions turbopropulseurs, et exigeait des investissements importants dans de nouvelles technologies et processus de fabrication.
La réponse à ces réalités du marché a été le développement de la famille de jets régionaux ERJ 145. L'ERJ 145, un avion à réaction bimoteur de 50 places propulsé par des moteurs turbofan Rolls-Royce AE 3007, a été conçu pour l'efficacité, la compatibilité entre ses variantes (ERJ 135 et ERJ 140) et des coûts d'exploitation réduits. Son premier vol en 1995 et son entrée en service en 1996 ont marqué l'entrée réussie d'Embraer dans l'ère des jets. La famille ERJ s'est révélée être un succès commercial, en particulier sur le marché florissant des compagnies aériennes régionales américaines, où les filiales régionales de grandes compagnies (comme American Eagle et ExpressJet) recherchaient des jets plus petits pour desservir des routes à faible demande dans le cadre de nouveaux accords de "clause de portée". Au début des années 2000, plus de 900 unités de la famille ERJ avaient été livrées dans le monde. Ce programme a non seulement revitalisé la gamme de produits d'Embraer, mais a également démontré sa capacité à développer et produire des avions à réaction compétitifs, fournissant des revenus cruciaux et une validation du marché pour l'entité privatisée. Le succès du programme a facilité le remboursement de la dette, attiré de nouveaux investissements et stabilisé considérablement la situation financière de l'entreprise.
Cependant, le parcours de l'entreprise n'a pas été sans revers. La crise financière asiatique à la fin des années 1990 a entraîné des commandes différées et une instabilité économique dans un marché clé de croissance, et les conséquences des attentats terroristes du 11 septembre au début des années 2000 ont créé une turbulence significative sur le marché mondial de l'aviation, entraînant une forte baisse des voyages aériens, des faillites de compagnies aériennes et un report ou une annulation généralisée des commandes d'avions. Embraer a su s'adapter en gérant soigneusement ses cycles de production, en diversifiant sa base de clients au-delà de sa dépendance initiale aux compagnies aériennes régionales américaines, et en explorant de nouveaux segments de marché. Pendant cette période, l'entreprise a élargi ses divisions d'aviation de défense et d'aviation exécutive, réduisant sa dépendance à un seul segment de marché commercial. Le lancement du jet d'affaires Legacy 600, basé sur la plateforme ERJ 135, en 2001, a marqué une entrée stratégique dans le secteur de l'aviation d'affaires. Parallèlement, la division de défense a continué à développer et moderniser des avions militaires, tels que l'A-29 Super Tucano. Les leçons tirées des difficultés financières du début des années 1990 ont inculqué une discipline financière robuste et une approche pragmatique de la gestion des risques au sein de la direction de l'entreprise.
La transformation la plus significative suite au succès de l'ERJ a été le développement de la famille de jets E-Jet (E170, E175, E190, E195), lancée au début des années 2000. Ces jets régionaux plus grands, conçus à partir d'une feuille blanche avec un fuselage plus large permettant une configuration de sièges confortable 2+2 et des commandes fly-by-wire avancées, offraient un confort, une efficacité et une autonomie supérieurs par rapport à la série ERJ et à de nombreux jets régionaux concurrents comme la famille CRJ de Bombardier. Les E-Jets sont rapidement devenus une norme mondiale dans la catégorie des 70 à 120 sièges, offrant un changement radical dans l'expérience passager et l'économie opérationnelle. En 2004, les premiers E-Jets sont entrés en service, accumulant rapidement des commandes de grandes compagnies aériennes dans le monde entier et sécurisant une part de marché substantielle dans leur segment. Ce programme a cimenté la position d'Embraer en tant que force dominante sur le marché des jets régionaux, défiant directement le duopole traditionnel des grands fabricants d'avions commerciaux (Boeing et Airbus) dans des segments spécifiques en offrant des solutions hautement compétitives en dessous de leurs offres typiques. La prévoyance stratégique d'investir dans le programme E-Jet, même au milieu des incertitudes du marché, s'est avérée être un moment décisif pour Embraer. Au milieu des années 2000, Embraer avait complètement transitionné d'une entreprise d'État en difficulté à un leader mondialement reconnu dans l'aviation régionale et exécutive, avec un portefeuille de produits solide et une structure financière revitalisée, prouvant sa résilience et sa capacité d'adaptation dans une industrie mondiale difficile.